Основан в 1360 году московским митрополитом святителем Алексием.Первая церковь Владычного монастыря, освященная в честь Введения Богородицы во Храм была деревянной . В 1362 году вместо деревянного преподобным Варлаамом, первым игуменом обители, был сооружен каменный храм. В это время ,из-за частых набегов татар, монастырь стал настоящей крепостью, окруженной стенами и снабженной боевыми орудиями и припасами.
Период упадка для монастыря наступил в начале XVIII столетия, когда он был приписан к Заиконоспасскому монастырю в Москве. В 1737 году во всей обители остался только один престарелый иеромонах. К концу века Владычный монастырь пришел практически в полное запустение: братия обители разошлась, кельи и храмы обветшали, богослужение прекратилось. В виду столь печального положения монастыря митрополит Московский Платон (Левшин) принял решение преобразовать обитель в женский монастырь, что и было сделано в 1806 году. Вскоре монастырь был полностью благоустроен как внешне, так и внутренне.
В середине XIX века Владычный монастырь стал известен по всей России, что привлекло в обитель множество паломников. В1878 году в обители была явлена чудотворная икона Божией Матери "Неупиваемая Чаша". Среди подвижниц монастыря того времени известна будущая преподобная схимница Рахиль Бородинская, начавшая свой иноческий путь во Владычной обители.
В 1919 году монастырь был закрыт, монахини выселены, а в опустевших храмах и кельях было организовано военное летное училище . Но Спасский храм продолжали действовать как приходская церковь до 1927 года. В 1978 году Серпуховское военное училище окончательно покинуло территорию монастыря и полуразрушенные постройки стали частично реставрироваться.
5 мая 1995 года решением Священного Синода русской православной церкви Введенский Владычний женский монастырь в Серпухове был вновь открыт.
В настоящее время реставрационные работы на территории монастыря почти полностью завершены.
Богослужения в монастыре проходят по полному суточному кругу.