Один из старейших в Подмосковье. Основан по благословению преподобного Сергия Радонежского в 1374 году Серпуховским князем Владимиром Андреевичем Храбрым, двоюродным братом и сподвижником великого князя Димитрия Ивановича Донского.. Свое название монастырь получил от места, находящегося на высоком красивом холме, в народе называвшемся «Высокое».
История монастыря тесно связана с городом Серпуховом. Являясь южной оборонительной границей Московского княжества, город часто подвергался нападениям со стороны внешних врагов. Под Серпуховом устраивались сборы войск, и Высоцкая обитель нередко посещалась знатью и самим царем. Для таких случаев в монастыре имелись особые «царские палаты». В 1670-е гг. вместо старой деревянной ограды вокруг монастыря были воздвигнуты каменные стены с четырьмя угловыми башнями.
В 1896 г, на средства фабриканта Н.Н.Коншина по проекту известного русского архитектора Р.И.Клейна был построен в византийском стиле храм во имя Всех святых с семейной усыпальницей храмоздателя в нижнем этаже. К началу XX в. Высоцкий монастырь, по отзывам современников, представлял собой одну из самых благоустроенных обителей Отечества.
В 1928 г. власти закрыли монастырь. Только Покровский храм продолжал действовать в качестве приходской церкви. В 1931 г. монастырь полностью прекратил свою деятельность.
25 марта 1991 г. Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение об открытии и возрождении Серпуховского Высоцкого мужского монастыря. Начались восстановительно-реставрационные работы.Сегодня в монастыре действуют шесть храмов: Покровский, Никольский, Зачатьевский, Сергиевский, во имя Трех святителей и в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница», еще в трех продолжаются реставрационные работы и создаются два новых.